AECOC se rige por un Consejo Directivo del que penden una veintena de Comités y Grupos de Trabajo en representación de los diferentes sectores a los que la Asociación integra y de sus distintas áreas de trabajo. Más de 650 profesionales de destacadas empresas forman parte de estos Comités que marcan las principales líneas de actuación, de acuerdo a las necesidades y retos a los que los actores y áreas de trabajo deben hacer frente.

Los Comités se reúnen varias veces al año para hacer seguimiento de los principales proyectos en marcha, así como para coordinar los puntos de encuentro dependientes de su área o sector de actividad.